From LOCEAN_COMMON_VERSION.txt file in croco_locean_v3.00 source code @=============================================================================== v3.00 debug 13/06/2021 based on the following croco version : commit d3794ea7f255f80cbe40587f0b9bc959d0e7b752 (HEAD, origin/release) Author: Gildas Cambon Date: Fri Apr 1 15:58:12 2022 +0200 Fix OpenMP parallel repro failure when using ONLINE_BULK + CBF (CFB_WIND_TRA) see issue #55 @=============================================================================== -------------------------------------------------------------------------------- A remonter dans croco: -------------------------------------------------------------------------------- ANA_DIURNAL_SW / PISCES => STOP! -------------------------------------------------------------------------------- A phaser Pour Pulsation : -------------------------------------------------------------------------------- cppdefs.h très différent cppdefs_dev.h très différent jobcomp un peu différent param.h très différent Makefile croco.in domain_def.xml domain_def.xml field_def.xml_full file_def.xml iodef.xml kRGB61.txt namelist_pisces_cfg namelist_pisces_ref namelist_quota_cfg namelist_quota_ref namelist_sediment_cfg namelist_sediment_ref -------------------------------------------------------------------------------- Nouveau dans la v3.00 -------------------------------------------------------------------------------- dans cppdefs.h # define UV_MIX_GEO ... disparait. # define BULK_FAIRALL devient # define BULK_MONTH_1DIGIT < # undef key_ligand < # undef key_sediment < # undef key_pisces_quota dans jobcomp: /XIOS/xios_launch.file... n'est pas recopié comme les fichiers xml pour xios... fait ailleur ou a remettre? init_scalar.F manque 2 x = vname(2,indxbioFlux+Nmeso2-1)= & 'O2 comsumption by mesozoo ' et un autre lmd_skpp1994.F Une ligne s'est perdue avec la clé TEMPERATURE... namelist_pisces_ref... unités corrigées mais pas dans namelist_pisces_ref.1 ??? -------------------------------------------------------------------------------- BUGFIX : -------------------------------------------------------------------------------- PISCES : biology_pisces.F Garantie pas de valeurs <0 salinité pour grille mère quand y a AGRIF sur l'update. A tester que pas nécessaire dans la v3.00 XXXX v2.00 == v3.00 => Ajouté p4zlim.F90. limite en fer dans l'Austral à discuter avec Olivier XXXX v2.00 == v3.00 => Ajouté sedrst.F90. retour à la ligne XXXX v2.00 == v3.00 + bug corrigé par croco sedwri.F90. raft => r2dttrc. (Changement de nom de variable) + beaucoup d'autres choses? XXXX v2.00 == v3.00 => Ajouté namelist_pisces_ref: changement d'unités + ligne LIGAND: tracer(25) = 'LGW ' , 'Ligands Concentration ', 'mmol/m3' + unités modifiées par Renaud XXXX v2.00 == v3.00 => Ajouté CROCO: main.F : call MPI_Finalize (ierr) ne termine pas normalement sans AGRIF XXXX v2.00 != v3.00 Il semble que le problème est été pris en compte par la v3.00 mais à vérifier. step3d_t.F. problème de stratification avec dRz =0. Qui ne doit pas arriver. A garder et à vérifier que ça n'arrive pas. XXXX v2.00 != v3.00 => Ajouté wetdry.F : erreur compilation si undef AGRIF & define AGRIF_2WAY XXXX v2.00 == v3.00 => Ajouté zoombc_2D.F : bug fix sur les frontières. pour les bancs découvrants ... M2 (Modifs Speciales pour le Senegal? ou bug fix général?) XXXX v2.00 != v3.00 => Ajouté Faible différence # ifdef WET_DRY0 au lieu de ifdef WET_DRY parfois Eventuellement nettoyer la syntaxe du retour à la ligne inutile : cff3=0.5*vmask_wet(i,Jstr)*cff1 & +cff2*(1.-cff1) def_rst.F : write(stdout,*)'CREATE RST NC4 PARALLEL FILE' dans MPI_master_only XXXX v2.00 != v3.00 + bug corrigé par croco ncscrum.h : Pb indentation < integer indxDON, indxDOP, indxPON, indxPOP, indxNPH, --- > integer indxDON, indxDOP, indxPON, indxPOP, indxNPH, XXXX v2.00 != v3.00 + Ajouté -------------------------------------------------------------------------------- BUGFIX : bvf & NC4PAR -------------------------------------------------------------------------------- def_his.F XXXX v2.00 != v3.00 + bug corrigé par croco dans les commits ci dessous wrt_his.F XXXX v2.00 != v3.00 + bug corrigé par croco dans les commits ci dessous 02/02/2022 Portage sur DATARMOR: 12 Aug, 2021 1 commit mcaillau's avatar add NC4PAR for bvf variable in def_his and fix a bug at compilation with AGRIF... mcaillau authored 5 months ago 5caef6e8 13 Nov, 2020 1 commit Jonathan Gula's avatar Add bvf to wrt_his for consistency (was only included for wrt_avg) Jonathan Gula authored 1 year ago -------------------------------------------------------------------------------- BUGFIX : quota (Renaud) -------------------------------------------------------------------------------- p5zprod.F90 : (detecté sur config benguela_lr Renaud) DO jj = 1 ,jpj au lieu de DO jj = JRANGE (sur config benguela_lr Renaud) XXXX v2.00 == v3.00 => Ajouté oce_sed.F : (detecté sur config benguela_lr Renaud) ajout de la ligne: USE sms_pisces, ONLY : r2dttrc => rfact !: XXXX v2.00 == v3.00 => Ajouté croco.in & croco.in.1 : tracer_diff2: TNU2(1:NT) [m^2/sec for all] - 30*0.d0 + 50*0.d0 tracer_diff4: TNU4(1:NT) [m^4/sec for all] - 30*0.d11 + 50*0.d11 -------------------------------------------------------------------------------- BUGFIX : sediments (Renaud) -------------------------------------------------------------------------------- sedini.F90 XXXX v2.00 == v3.00 => Ajouté sedstp.F90 XXXX v2.00 == v3.00 => Ajouté sedwri.F90 : modifs en plus du bugfix précédent XXXX v2.00 == v3.00 => Ajouté trcini_pisces.F90 : add < #if defined key_sediment < ln_sediment = .true. XXXX v2.00 == v3.00 => Ajouté cppdefs.h : +# undef key_ligand +# undef key_sediment +# undef key_pisces_quota XXXX v2.00 != v3.00 => Ajouté -------------------------------------------------------------------------------- output_cpp.txt propre à Pulsation. -------------------------------------------------------------------------------- cppcheck.F XXXX v2.00 == v3.00 => Ajouté read_inf.F XXXX v2.00 != v3.00 => Ajouté Beaucoup de modifs (Traceurs et Temperature isolés) @=============================================================================== @ Modifs par CONFIG : @=============================================================================== -------------------------------------------------------------------------------- Pour ASAP & ASAP2 : -------------------------------------------------------------------------------- hmix_coef.F. modification coefficient horcon XXXX v2.00 != v3.00 => on modifie la valeur du coefficient dans la nouvelle routine v3.00 importée dans MY_SRC online_bulk_var.F Modification des noms de variables XXXX v2.00 != v3.00 => Ajouté dans MY_SRC ASAP2 online_get_bulk.F lecture du module du vent XXXX v2.00 != v3.00 => Ajouté dans MY_SRC ASAP2 online_interpolate_bulk.F lecture du module du vent XXXX v2.00 != v3.00 => Ajouté dans MY_SRC ASAP2 online_set_bulk.F lecture du module du vent XXXX v2.00 != v3.00 => Ajouté dans MY_SRC ASAP2 XXXX QUESTION STEPH... une partie virée (cf snapshot) ... cffv2 volontairement??? p4zsbc.F90 unité des poussières si on utilise un fichier dust pour les poussières. Vérifier que l'unité est cohérente avec la namelist. XXXX v2.00 == v3.00 => On laisse la v2.00 dans MY_SRC ASAP2 -------------------------------------------------------------------------------- Pour AWA (can11sen2) : -------------------------------------------------------------------------------- set_nudgcof.F. sponge CANARY2 add SHADING option V. Echevin cppdefs.h : # define SHADING analytical.F : forces.h ocean2pisces.F90 : ln_qsr_bio = .true. ocean2pisces.F90 : step3d_t.F : -------------------------------------------------------------------------------- dans les sources v2.00 et v3.00 -------------------------------------------------------------------------------- [SOLAB@irene153:/ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/croco_locean_v3.00/PISCES] diff namelist_pisces_ref namelist_pisces_ref.1 21,45c21,45 < tracer(1) = 'DIC ' , 'Dissolved inorganic Concentration ', 'mmol/m3' < tracer(2) = 'Alkalini' , 'Total Alkalinity Concentration ', 'meq/m3 ' < tracer(3) = 'O2 ' , 'Dissolved Oxygen Concentration ', 'mmol/m3' < tracer(4) = 'CaCO3 ' , 'Calcite Concentration ', 'mmol/m3' < tracer(5) = 'PO4 ' , 'Phosphate Concentration ', 'mmol/m3' < tracer(6) = 'POC ' , 'Small organic carbon Concentration ', 'mmol/m3' < tracer(7) = 'Si ' , 'Silicate Concentration ', 'mmol/m3' < tracer(8) = 'PHY ' , 'Nanophytoplankton Concentration ', 'mmol/m3' < tracer(9) = 'ZOO ' , 'Microzooplankton Concentration ', 'mmol/m3' < tracer(10) = 'DOC ' , 'Dissolved organic Concentration ', 'mmol/m3' < tracer(11) = 'PHY2 ' , 'Diatoms Concentration ', 'mmol/m3' < tracer(12) = 'ZOO2 ' , 'Mesozooplankton Concentration ', 'mmol/m3' < tracer(13) = 'BSi ' , 'Diatoms Silicate Concentration ', 'mmol/m3' < tracer(14) = 'Fer ' , 'Dissolved Iron Concentration ', 'mmol/m3' < tracer(15) = 'BFe ' , 'Big iron particles Concentration ', 'mmol/m3' < tracer(16) = 'GOC ' , 'Big organic carbon Concentration ', 'mmol/m3' < tracer(17) = 'SFe ' , 'Small iron particles Concentration ', 'mmol/m3' < tracer(18) = 'DFe ' , 'Diatoms iron Concentration ', 'mmol/m3' < tracer(19) = 'DSi ' , 'Sinking biogenic Silicate Concentration', 'mmol/m3' < tracer(20) = 'NFe ' , 'Nano iron Concentration ', 'mmol/m3' < tracer(21) = 'NCHL ' , 'Nano chlorophyl Concentration ', 'mg/m3' < tracer(22) = 'DCHL ' , 'Diatoms chlorophyl Concentration ', 'mg/m3' < tracer(23) = 'NO3 ' , 'Nitrates Concentration ', 'mmol/m3' < tracer(24) = 'NH4 ' , 'Ammonium Concentration ', 'mmol/m3' < tracer(25) = 'LGW ' , 'Ligands Concentration ', 'mmol/m3' --- > tracer(1) = 'DIC ' , 'Dissolved inorganic Concentration ', 'mol-C/L' > tracer(2) = 'Alkalini' , 'Total Alkalinity Concentration ', 'eq/L ' > tracer(3) = 'O2 ' , 'Dissolved Oxygen Concentration ', 'mol-C/L' > tracer(4) = 'CaCO3 ' , 'Calcite Concentration ', 'mol-C/L' > tracer(5) = 'PO4 ' , 'Phosphate Concentration ', 'mol-C/L' > tracer(6) = 'POC ' , 'Small organic carbon Concentration ', 'mol-C/L' > tracer(7) = 'Si ' , 'Silicate Concentration ', 'mol-C/L' > tracer(8) = 'PHY ' , 'Nanophytoplankton Concentration ', 'mol-C/L' > tracer(9) = 'ZOO ' , 'Microzooplankton Concentration ', 'mol-C/L' > tracer(10) = 'DOC ' , 'Dissolved organic Concentration ', 'mol-C/L' > tracer(11) = 'PHY2 ' , 'Diatoms Concentration ', 'mol-C/L' > tracer(12) = 'ZOO2 ' , 'Mesozooplankton Concentration ', 'mol-C/L' > tracer(13) = 'BSi ' , 'Diatoms Silicate Concentration ', 'mol-C/L' > tracer(14) = 'Fer ' , 'Dissolved Iron Concentration ', 'mol-C/L' > tracer(15) = 'BFe ' , 'Big iron particles Concentration ', 'mol-C/L' > tracer(16) = 'GOC ' , 'Big organic carbon Concentration ', 'mol-C/L' > tracer(17) = 'SFe ' , 'Small iron particles Concentration ', 'mol-C/L' > tracer(18) = 'DFe ' , 'Diatoms iron Concentration ', 'mol-C/L' > tracer(19) = 'DSi ' , 'Sinking biogenic Silicate Concentration', 'mol-C/L' > tracer(20) = 'NFe ' , 'Nano iron Concentration ', 'mol-C/L' > tracer(21) = 'NCHL ' , 'Nano chlorophyl Concentration ', 'mol-C/L' > tracer(22) = 'DCHL ' , 'Diatoms chlorophyl Concentration ', 'mol-C/L' > tracer(23) = 'NO3 ' , 'Nitrates Concentration ', 'mol-C/L' > tracer(24) = 'NH4 ' , 'Ammonium Concentration ', 'mol-C/L' > tracer(25) = 'LGW ' , 'Ligands Concentration ', 'mol-C/L' 206c206 < mpratd = 0.01 ! Diatoms mortality rate --- > mprat2 = 0.01 ! Diatoms mortality rate 240c240 < xpref2n = 0.3 ! mesozoo preference for nanophyto. --- > xpref2p = 1. ! zoo preference for POC