DEBUGGER

DOC

• Documentation formation 2019 : pdf
  • arm-forge chap 5 : "Graphical Debugging with DDT"
  • valgrind chap 6 : "Memory Debugging with Valgrind"


• Options de compilation :

  Steph Mars 2021 : -check bounds -fpe0 -traceback -g -O0 -ftrapuv -72 -fno-alias -i4 -r8 -fp-model precise -mcmodel=medium -g -O0 -i4 -r8 -fp-model precise -mcmodel=medium -traceback -check bounds -ftrapuv -72 -fno-alias -fpe0 croco jobcomp 4 Mars 2021 : -O0 -g -i4 -r8 -traceback -check all -check bounds -check uninit -CA -CB -CS -ftrapuv -fpe1 Seb Nemo Nov 2021 : -i4 -r8 -g -O0 -debug all -traceback -fp-model strict -ftrapuv -check all,noarg_temp_created -fpe-all0 -ftz -init=arrays,snan,huge Utilisé pour arm-forge - from option Seb -i4 -r8 -g -O0 -debug all -traceback -fp-model -ftrapuv -check all,noarg_temp_created -fpe-all0 ultra lent!!! lancé à 16:08... 16:22? salinprac(Istrp:Iendp,Jstrp:Jendp,1:N), REAL(SELECTED_REAL_KIND(12,307)) :: zsal

ARM-FORGE

• Remarque: On ne sait pour l'instant pas lancer croco avec XIOS


• 1/ Installer le client arm-forge 20.2.1 (Nov 2021) à installer sur son ordinateur Mac/windows/Linux) - download
• Juin 2022 arm-forge 22.0.2 seule version dispo sur IRENE et IRENE-AMD; Mais version client Mac et windows =< 21.1 dispo uniquement ....


• 2/ Configurer le client (saisies d'écran pour Irene):
  • Lancer le client "arm FORGE". Cliquer sur "arm DDT" puis dans "Remote Launch", choisir "configure" img 1
  • Renseigner les infos de connection : img 2
    • Host Name: (irene via cerbere) cholod@cerbere.locean-ipsl.upmc.fr hourdinc@irene-eu.ccc.cea.fr
    • Remote Installation Directory : /ccc/products/arm-forge-20.2.1/system/default/


• 3/ Lancer le job sur Irene (lignes à intégrer dans le script de lancement) :
  • module load arm-forge/20.2.1
  • ddt --connect ./croco_IRENE.exe

  exemple job.sh

  #!/bin/bash ############################# from IRENE.header ############################# #=============================================================================== # IRENE.header to submit a MPI batch job #=============================================================================== #MSUB -r arm-forge test #MSUB -o arm-forge.jobid_%I.txt # output file name #MSUB -e arm-forge.jobid_%I.txt # error output file name #MSUB -j oe #------------------------------------------------------------------------------- # cpu : Intel Skylake # Cores/Node : 48 (2x24) # RAM/Node : 180 GB (3.75GB/core) #------------------------------------------------------------------------------- #MSUB -q skylake #MSUB -n 360 # number of MPI task #MSUB -c 1 # number of threads by MPI task (for OPENMP or to reserve more memory) # #MSUB -N 4 # number of nodes to use (better to use -c option to reserve more memory) # #MSUB -x # requests exclusive usage of allocated nodes. #MSUB -A gen1140 #MSUB -m work,scratch,store #SUB -Q test # Queue test with 1800 s max for time #MSUB -T 1800 #=============================================================================== umask 022 set +x # (because set -x by default on Irene) echo "" echo "module purge..." module purge >/dev/null 2>&1 for module in "flavor/hdf5/parallel" "netcdf-fortran/4.4.4" "hdf5/1.8.20" "gnu/7.3.0" do echo "" echo "LOAD MODULE ${module}" module load ${module} done echo "" module load arm-forge/20.2.1 ddt --connect ./croco_IRENE.exe



• 4/ Lancer le client :
  • Lancer le client "arm FORGE". Cliquer sur "arm DDT" puis dans "Remote Launch", choisir "irene" img 1
  • Entrer le mot de passe d'Irene img 3
  • Une fois la connection établie, on a en bas de la fenêtre le message "Connected to ...irene..." + un message pour accepter de lancer le job via le debugger. img 4
  • Une nouvelle fenêtre s'ouvre. Selectionner MPI et le nombre de procs + Implementation : SLURM (Generic) img 5
  • cliquez sur "Run"... Le debugger se positionne sur "MPIisinitialize = .TRUE." img 6


• 5/ Debugger.... img 7

VALGRIND