Phasing Can11Sen2 to ASAP2020 config

Phasing Can11Sen2 (Senegal - P.Chabert) to ASAP2020 (South Africa - S. Pous) config

1. Phasing Can11Sen2 to ASAP2020 config
   1. Phasing Can11Sen2 (Senegal - P.Chabert) to ASAP2020 (South Africa - S. Pous) config
      1. Les 2 Simu Can11Sen2 de Pierre:
      2. Différences entre les 2 simus (outre la clé ANA_DIURNAL_SW) :
         1. Le code croco:
         2. Diff des répertoires de compilation:
         3. Diff des répertoires de scripts:
         4. Diff des sorties de job "out_run.txt"
         5. On retient:
      3. Au plus près de la config ASAP2020 de Steph
         1. La simu de Steph:
         2. Clean des MY_SRC par diff de ASAP2020 / c11s2cp_climatoruns / c11s2cp_climatoruns_051120:
         3. Diff cppdefs.h ASAP2020 / c11s2cp_climatoruns_051120:
         4. Diff cppdefs_dev.h ASAP2020 / c11s2cp_climatoruns_051120:
         5. Diff KEY CPP dans out_run.txt ASAP2020 / c11s2cp_climatoruns_051120:
      4. PISCES v2 namelist_pisces_cfg
         1. Diff ASAP2020 / c11s2cp_climatoruns:
         2. Diff c11s2cp_climatoruns / c11s2cp_climatoruns_051120:
         3. Diff ASAP2020 / c11s2cp_climatoruns_051120:
      5. PISCES v2 namelist_pisces_ref
         1. Diff ASAP2020 / c11s2cp_climatoruns:
         2. Diff c11s2cp_climatoruns / c11s2cp_climatoruns_051120:
         3. Diff ASAP2020 / c11s2cp_climatoruns_051120:
      6. Améliorer pour tous les chantiers la version commune locean
         1. trcini_pisces.F90
         2. step3d_t.F

Les 2 Simu Can11Sen2 de Pierre:

• Remarque: pouur figer toutes les versions comparées, j'en ai fait une copie dans :

  cd /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/SAV_2020_10_15_exp_ASAP_Can11sen2/ 

• path c11s2cp_climatoruns (Eté 2020) :

  cd /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/SAV_2020_10_15_exp_ASAP_Can11sen2/c11s2cp_climatoruns 

• path c11s2cp_climatoruns_051120 (Nov 2020) :

  cd /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/SAV_2020_10_15_exp_ASAP_Can11sen2/c11s2cp_climatoruns_051120 

• c11s2cp_climatoruns:
• code croco_spous_090320
• (# define ANA_DIURNAL_SW) 7 x 12 x 1 mois sans problème mais bio pourrie


• c11s2cp_climatoruns_051120:
• code croco_spous_040920
• (# undef ANA_DIURNAL_SW) Segmentation fault + error MPI aléatoires ~1 mois sur 3
• (# define ANA_DIURNAL_SW) 10 x 1 mois sans problèmes


• Mais pour la bio il faut tourner avec (# undef ANA_DIURNAL_SW)
O. Aumont (mail du 11/11/2020) : Non il ne faut pas utiliser un flux solaire avec cycle diurne dans PISCES (quota et v2). On peut le faire en théorie mais il faut changer le code. Je dois d'ailleurs travailler pour changer le code pour permettre d'activer un cycle diurne sans bidouiller le code. En effet, dans les deux versions du code, on multiplie la prod par la durée du jour et donc, si en plus on a un cycle diurne dans le forçage, ca veut dire compter deux fois l'effet de la durée du jour. Maintenant, d'un point de vue de la capacité du modèle à simuler correctement les processus avec cycle diurne, PISCES-v2 n'est pas conceptuellement fait pour cela donc il vaut mieux de toute facon ne jamais activer le cycle diurne avec PISCES-v2.

Différences entre les 2 simus (outre la clé ANA_DIURNAL_SW) :

Le code croco:

• Version croco_spous_090320 (utilisée pour la simu Eté 2020):
  Version Steph avant le push du 13 Mars 2020 refilée sous le manteau via Renaud
  (=> toutes les routines modifiées par Olivier pour PISCES_cota et les modifs de Steph sont dans le MY_SRC)

   cd /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/SAV_2020_10_15_exp_ASAP_Can11sen2/croco_spous_090320 

• Version croco_spous_040920 (utilisée pour la simu Nov 2020):
  Qui n'est autre que la version commune croco locean v1.00 (16 Mars 2020 = 13 Mars + 2 commits Rachid) utilisée par Steph pour ASAP2020
  et pour laquelle la plupart des routines du MY_SRC utilisée pour la version du 090320 sont intégrées dans ce code,
  à une modif prêt (p4zlim.F90 : Modif ASAP test pour trop de fer dans l'Austral)
  => gros nettoyage possible dans le MY_SRC

   cd /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/SAV_2020_10_15_exp_ASAP_Can11sen2/croco_spous_040920 

Diff des répertoires de compilation:

• cd /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/SAV_2020_10_15_exp_ASAP_Can11sen2 
  diff -b c11s2cp_climatoruns/compile/croco  c11s2cp_climatoruns_051120/compile/croco

diff -b c11s2cp_climatoruns/compile/croco/cppdefs_dev.h c11s2cp_climatoruns_051120/compile/croco/cppdefs_dev.h 701c701 < # define LMD_SKPP2005 --- > # undef LMD_SKPP2005 diff -b c11s2cp_climatoruns/compile/croco/jobcomp c11s2cp_climatoruns_051120/compile/croco/jobcomp 28c28,29 < SOURCE=$croco_pisces_v2/croco_spous_090320/OCEAN --- > SOURCE=$croco_pisces_v2/croco_spous_040920/OCEAN > #SOURCE=$croco_pisces_v2/croco_spous_090320/OCEAN




• Diff :
• key LMD_SKPP2005
• code croco

Diff des répertoires de scripts:

• cd /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/SAV_2020_10_15_exp_ASAP_Can11sen2/
  diff -b c11s2cp_climatoruns/scripts  c11s2cp_climatoruns_051120/scripts

14,15c14 < # lnfile ${INPUTDIR}/ini/can11sen2_rst_bio.nc${suff} croco_ini.nc${suff} < lnfile /ccc/store/cont005/gen1140/chabertp/OUTPUTS_RUN_agrif_pisces/OUTPUTS_RUN_agrif_pisces_year2/can11_rst_agr_pis_year2_p6.nc${suff} croco_ini.nc${suff} --- > lnfile ${INPUTDIR}/ini/can11sen2_rst_bio.nc${suff} croco_ini.nc${suff}




• Diff :
• Etat de démarrage

Diff des sorties de job "out_run.txt"

• Version croco_spous_090320 (sortie de job): c11s2cp_climatoruns_10030101_10030130_out_run.txt

  vi /ccc/work/cont005/gen1140/chabertp/wd/can11sen2_croco/exp/c11s2cp_climatoruns/\
  jobs/10030101_10030130/c11s2cp_climatoruns_10030101_10030130.jobid_4884147.txt 

• Version croco_spous_040920 (sortie de job): c11s2cp_climatoruns_051120_10010101_10010130_out_run.txt

  vi /ccc/work/cont005/gen1140/chabertp/wd/can11sen2_croco/exp/c11s2cp_climatoruns_051120/\
  jobs/10010101_10010130/c11s2cp_climatoruns_051120_10010101_10010130.jobid_5962405.txt

• Diff des sorties de job out_run.txt: c11s2cp_climatoruns_diff_out_run.txt

  cd /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/SAV_2020_10_15_exp_ASAP_Can11sen2/
  diff -b c11s2cp_climatoruns/jobs/10030101_10030130/out_run.txt \
         c11s2cp_climatoruns_051120/jobs/10010101_10010130/out_run.txt  | more 

3,4c3,4 < 600.00 dt Timestep [sec] for 3D equations --- > 400.00 dt Timestep [sec] for 3D equations 445d444 < ANA_DIURNAL_SW 481d479 < LMD_SKPP2005 716,719d717 < < GET_INITIAL - unable to find variable: LGW < in input NetCDF file: croco_ini.nc -> analytical value





On retient:

pdt = 600dt	??
# define LMD_SKPP2005	pour améliorer le mélange ???...
# undef ANA_DIURNAL_SW	pour la bio
Etat de Démarrage	Lequel? Adapter le pdt en fonction du choix
GET_INITIAL - unable to find variable: LGW	lié à la différence d'état de demarrage?

Au plus près de la config ASAP2020 de Steph

La simu de Steph:

• Version croco_locean_v1.00 :
  la version commune croco locean v1.00 (commit 16 Mars 2020 = commit 13 Mars Steph + 2 commits Rachid)
  Idem à version croco_spouus_040920 utilisée par Pierre à une modif prêt
  (p4zlim.F90 : Modif ASAP test pour trop de fer dans l'Austral)

   cd /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/locean_croco_pisces/croco_locean_v1.00

• MY_SRC :

   cd /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/SAV_2020_10_15_exp_ASAP_Can11sen2/CROCO_ASAP_NEW2020_V2

• output :

   cd /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/SAV_2020_10_15_exp_ASAP_Can11sen2/ASAP2020_KPP/

Clean des MY_SRC par diff de ASAP2020 / c11s2cp_climatoruns / c11s2cp_climatoruns_051120:

•  cd /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/SAV_2020_10_15_exp_ASAP_Can11sen2/CROCO_ASAP_NEW2020_V2

•  cd /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/SAV_2020_10_15_exp_ASAP_Can11sen2/c11s2cp_climatoruns/compile/croco/

•  cd /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/SAV_2020_10_15_exp_ASAP_Can11sen2/c11s2cp_climatoruns_051120/compile/croco/

La plus grande différence de phasage: ===================================== zoombc_2D.F ===================================== Qui n'a rien à voir avec les 2 versions de code utilisé. D'où vient elle? Est ce un héritage involontaire ou y a t il une raison pour ne pas prendre la version du code? ===================================== p4zsbc.F90 ===================================== Vérifier l'unité. A priori pas de modif comme Steph. Il faut bien diviser par la période comme dans le code d'origine ! modif SPOUS ASAP ! dustmo(ji,jj,irec) = dustmp(ji,jj,irec) / rmtss dustmo(ji,jj,irec) = dustmp(ji,jj,irec) ASAP ne doit pas diviser mais le senegal oui (version par defaut) . ===================================== Routine écrasée dans MY_SRC car intégrées dans la version commune croco_locean_v1.00 ===================================== ana_initial.F analytical.F cross_matrix.F get_bry_bio.F get_psource_ts.F get_tclima.F init_scalars.F main.F ncscrum.h zoom.F oce_sed.F90 modtypes.F90_IN_AGRIF_AGRIF_FILES = modtypes.F90 strings.h ===================================== inutilisées et donc virées: ===================================== ncjoin.F partit.F ===================================== Mis pour test par Pierre puis viré : ===================================== diff c11s2cp_climatoruns/compile/croco/sms_pisces.F90 $PISCES 36d35 < LOGICAL :: ln_sed_2way !: Flag to enable sediment module 2 way ===================================== diff $OCEAN/read_inp.F . ===================================== dans la version MY_SRC, vous virez les tests sur le modèle de bio pour avoir le print diag avec PISCES? 1915d1914 < # if (defined BIO_NChlPZD && defined OXYGEN) || defined BIO_BioEBUS 1928d1926 < # endif 1960d1957 < # if (defined BIO_NChlPZD && defined OXYGEN) || defined BIO_BioEBUS 1973d1969 < # endif ===================================== diff $OCEAN/set_nudgcof.F . ===================================== Je vire set_nudgcof.Focean car pas utilisé et même version que dans croco_locean_v1.00 Question pour set_nudgcof.F: OK pour la modif clé MPI. Vous remplacez CANARY par CANARY2 pour éviter de passer dans la boucle qui définit une sponge spéciale pour les CANARY et IBERIA et dont vous ne voulez pas? Si oui on laisse, mais il faut remplacer cff_sponge par sed_sponge parce que cff_sponge n'existe plus. 38a39 > # ifdef MPI 39a41 > # endif 120c122 < & sed_sponge(i,j)=float(ibnd)/float(isp) --- > & cff_sponge(i,j)=float(ibnd)/float(isp) 249c251 < # if defined CANARY || defined IBERIA --- > # if defined CANARY2 || defined IBERIA ===================================== diff $OCEAN/step3d_t.F . (à intégrer dans version croco commune) ===================================== si la clé TS_MIX_ISO /* or Isopycnal rotation */ est activée mélange le long des isopycne pour les traceurs passifs. Alors une différence de densité sur la verticale dRz est utilisée Modif Steph pour éviter de diviser par dRz quand dRz=0 Problématique que quand on met des options strict de compilation pour débuter 538a539,543 > ! modif SPOUS ASAP > if (dRz .eq. 0) then > ! write(*,*) 'step3d_t mynode', mynode > cff = -1.E-14 > else 539a545,547 > endif > ! cff = min( 1./dRz,-1.E-14 ) ! minimum stratification imposed > ! modif SPOUS ASAP ===================================== J'ajoute trcini_pisces.F90 (à intégrer dans version croco commune) ===================================== pour ajouter la coupure ligne Pas un bug mais évite des options de compilation pour prendre en compte les lignes longues. diff $PISCES/trcini_pisces.F90 . 333c333,334 < IF(lwm) CALL ctl_opn( numonp , 'output.namelist.pis' , 'UNKNOWN', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, numout, .FALSE. ) --- > IF(lwm) CALL ctl_opn( numonp , 'output.namelist.pis' & > & , 'UNKNOWN', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, numout, .FALSE. )




Diff cppdefs.h ASAP2020 / c11s2cp_climatoruns_051120:

•  cd /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/SAV_2020_10_15_exp_ASAP_Can11sen2/
  diff -b CROCO_ASAP_NEW2020_V2/cppdefs.h c11s2cp_climatoruns_051120/compile/croco/cppdefs.h

56c56 < # define ASAP --- > # define CANARY 74c74 < # define OBC_EAST --- > # undef OBC_EAST 98c98 < # define PARALLEL_FILES --- > # undef PARALLEL_FILES 112,113c112,113 < # undef WET_DRY < # undef NEW_S_COORD --- > # define WET_DRY > # define NEW_S_COORD 127c127 < # define UV_VIS2 --- > # undef UV_VIS2 130d129 < # define UV_MIX_GEO 163c162 < # undef LMD_BKPP --- > # define LMD_BKPP 166c165 < # define LMD_DDMIX --- > # undef LMD_DDMIX 171c170 < # define BULK_FLUX --- > # undef BULK_FLUX 179c178 < # define ONLINE --- > # undef ONLINE 182c181 < # define ERA_ECMWF --- > # undef ERA_ECMWF 192c191 < # undef ANA_DIURNAL_SW --- > # define ANA_DIURNAL_SW 244c243 < # define PSOURCE_NCFILE --- > # undef PSOURCE_NCFILE 246c245 < # define PSOURCE_NCFILE_TS --- > # undef PSOURCE_NCFILE_TS




• On retient:

ASAP2020	can11sen2
define ASAP	define CANARY
define OBC_EAST	undef OBC_EAST
define PARALLEL_FILES	undef PARALLEL_FILES
undef WET_DRY & undef NEW_S_COORD	define WET_DRY & define NEW_S_COORD	Les Bancs découvrants fonctionnent ils avec AGRIF / PISCES v2 ??? PEUT ETRE UNE BONNE PISTE pour le bug car erreur à a compilation quand AGRIFZ=0 et USE_AGRIF_2WAY=true au lieu de false... wetdry_.f(282): error #6404:
define UV_VIS2	undef UV_VIS2	??
define UV_MIX_GEO		??
undef LMD_BKPP	define LMD_BKPP	??
define LMD_DDMIX	undef LMD_DDMIX	??
define BULK_FLUX (ONLINE & ERA_ECMWF)	undef BULK_FLUX (ONLINE & ERA_ECMWF)
undef ANA_DIURNAL_SW	define ANA_DIURNAL_SW	UNDEF !
define PSOURCE_NCFILE	undef PSOURCE_NCFILE
define PSOURCE_NCFILE_TS	undef PSOURCE_NCFILE_TS
define key_ligand	define key_ligand	comment les particules s'agrègent pas trop d'influence d'après Olivier ... Mais activé/desactivé au cours des tests =& attention que la namelist soit en accord avec le choix définitif!




Diff cppdefs_dev.h ASAP2020 / c11s2cp_climatoruns_051120:

•  cd /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/SAV_2020_10_15_exp_ASAP_Can11sen2/
  diff -b CROCO_ASAP_NEW2020_V2/cppdefs_dev.h c11s2cp_climatoruns_051120/compile/croco/cppdefs_dev.h




• On retient:

ASAP2020	can11sen2
undef LMD_SKPP2005	undef LMD_SKPP2005	On active ou pas?




Diff KEY CPP dans out_run.txt ASAP2020 / c11s2cp_climatoruns_051120:

• ASAP2020_KEY_CPP_out_run.txt

   vi /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/SAV_2020_10_15_exp_ASAP_Can11sen2/ASAP2020_KPP/listing_croco_2020/croco.Y1985.M10.ASAP_CROCO_NEW_V2_job_621807.txt

• c11s2cp_climatoruns_051120_KEY_CPP_out_run.txt

   vi /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/SAV_2020_10_15_exp_ASAP_Can11sen2/c11s2cp_climatoruns_051120/jobs/10010101_10010130/out_run.txt

diff ASAP2020_KEY_CPP_out_run.txt c11s2cp_climatoruns_051120_KEY_CPP_out_run.txt 4c4 < ASAP --- > CANARY 8d7 < OBC_EAST 13d11 < PARALLEL_FILES 16a15,16 > WET_DRY > NEW_S_COORD 23,25d22 < UV_VIS2 < UV_VIS_SMAGO < UV_MIX_GEO 33a31 > LMD_BKPP 36d33 < LMD_DDMIX 38,44c35,36 < BULK_FLUX < BULK_FAIRALL < BULK_LW < BULK_EP < BULK_SMFLUX < ONLINE < ERA_ECMWF --- > QCORRECTION > SFLX_CORR 52,54d43 < PSOURCE < PSOURCE_NCFILE < PSOURCE_NCFILE_TS 67d55 < ANA_PSOURCE 73c61 < VIS_COEF_3D --- > UV_MIX_S 82,83d69 < BULK_SM_UPDATE < CUBIC_INTERP 98d83

PISCES v2 namelist_pisces_cfg

Diff ASAP2020 / c11s2cp_climatoruns:

•  cd /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/SAV_2020_10_15_exp_ASAP_Can11sen2/
  vimdiff -b CROCO_ASAP_NEW2020_V2/namelist_pisces_cfg c11s2cp_climatoruns/param_inputs/namelist_pisces_cfg

vimdiff_CROCO_ASAP_NEW2020_V2-c11s2cp_climatoruns_namelist_pisces_cfg_01.png



Diff c11s2cp_climatoruns / c11s2cp_climatoruns_051120:

•  cd /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/SAV_2020_10_15_exp_ASAP_Can11sen2/
  vimdiff -b c11s2cp_climatoruns/param_inputs/namelist_pisces_cfg c11s2cp_climatoruns_051120/param_inputs/namelist_pisces_cfg

vimdiff_c11s2cp_climatoruns-c11s2cp_climatoruns_051120_namelist_pisces_cfg_01.png



Diff ASAP2020 / c11s2cp_climatoruns_051120:

•  cd /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/SAV_2020_10_15_exp_ASAP_Can11sen2/
  vimdiff -b CROCO_ASAP_NEW2020_V2/namelist_pisces_cfg c11s2cp_climatoruns_051120/param_inputs/namelist_pisces_cfg

NO DIFF!

PISCES v2 namelist_pisces_ref

Diff ASAP2020 / c11s2cp_climatoruns:

•  cd /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/SAV_2020_10_15_exp_ASAP_Can11sen2/
  vimdiff -b CROCO_ASAP_NEW2020_V2/namelist_pisces_ref c11s2cp_climatoruns/param_inputs/namelist_pisces_ref

vimdiff_CROCO_ASAP_NEW2020_V2-c11s2cp_climatoruns_namelist_pisces_ref_01.png
vimdiff_CROCO_ASAP_NEW2020_V2-c11s2cp_climatoruns_namelist_pisces_ref_02.png



Diff c11s2cp_climatoruns / c11s2cp_climatoruns_051120:

•  cd /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/SAV_2020_10_15_exp_ASAP_Can11sen2/
  vimdiff -b c11s2cp_climatoruns/param_inputs/namelist_pisces_ref c11s2cp_climatoruns_051120/param_inputs/namelist_pisces_ref

vimdiff_c11s2cp_climatoruns-c11s2cp_climatoruns_051120_namelist_pisces_ref_01.png
vimdiff_c11s2cp_climatoruns-c11s2cp_climatoruns_051120_namelist_pisces_ref_02.png



Diff ASAP2020 / c11s2cp_climatoruns_051120:

•  cd /ccc/work/cont005/gen1140/hourdinc/SAV_2020_10_15_exp_ASAP_Can11sen2/
  vimdiff -b CROCO_ASAP_NEW2020_V2/namelist_pisces_ref c11s2cp_climatoruns_051120/param_inputs/namelist_pisces_ref

vimdiff_CROCO_ASAP_NEW2020_V2-c11s2cp_climatoruns_051120_namelist_pisces_ref_01.png

Améliorer pour tous les chantiers la version commune locean

trcini_pisces.F90




diff trcini_pisces.F90 $PISCES 333,334c333 < IF(lwm) CALL ctl_opn( numonp , 'output.namelist.pis' & < & , 'UNKNOWN', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, numout, .FALSE. ) --- > IF(lwm) CALL ctl_opn( numonp , 'output.namelist.pis' , 'UNKNOWN', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, numout, .FALSE. )





step3d_t.F




diff step3d_t.F $OCEAN 539,543d538 < ! modif SPOUS ASAP < if (dRz .eq. 0) then < ! write(*,*) 'step3d_t mynode', mynode < cff = -1.E-14 < else 545,547d539 < endif < ! cff = min( 1./dRz,-1.E-14 ) ! minimum stratification imposed < ! modif SPOUS ASAP